বৈজ্ঞানিক উপায়ে পুকুরে মৎস্য চাষের বিভিন্ন দিক নিয়ে গবেষণা এবং উন্নত মৎস্য চাষ প্রযুক্তি হস্তান্তর প্রশিক্ষণ কোর্সের ব্যবহারিক ক্লাস পরিচালনার লক্ষ্যে ১৯৯২ সালে মৎস্য ইউনিটের কার্যক্রম শুরু করা হয়। বর্তমানে এ ইউনিটে মোট ৬টি পুকুর, ১টি মিনি পুকুর ও ২টি খাল রয়েছে যার মোট জলায়তন ৬ একর। প্রদর্শনী খামার সম্প্রসারণ ও আধুনিকায়ন প্রকল্পের অর্থায়নে ২০০৪ সালে মৎস্য ইউনিটে একটি হ্যাচারী স্থাপন করা হয়েছে। এ ইউনিটে মৎস্য চাষীদের প্রশিক্ষণ, মৎস্য সংক্রান্ত গবেষণা, প্রায়োগিক গবেষণা ইত্যাদি কর্মকান্ড সম্পাদন করার পাশাপাশি পুকুরে মাছ চাষ ও ব্রম্নড মাছ প্রতিপালন, হ্যাচারীতে কার্প জাতীয় মাছের গুনগত মানসম্পন্ন রেণু পোনা উৎপাদন, চারা পোনা উৎপাদন ইত্যাদি কার্যক্রম পরিচালিত হয়ে আসছে। এছাড়া তেলাপিয়া মাছের মনোসেক্স পোনা এবং গুলশা টেংড়া, দেশী শিং, মুগুর ও ভিয়েত নামী কই মাছের পোনা উৎপাদন হচ্ছে। গবেষক ও দক্ষ টেকনিশিয়ান দ্বারা পরিচালিত মৎস্য হ্যাচারীতে উৎপাদিত পোনার চাহিদা মৎস্য চাষীদের মধ্যে জনপ্রিয়তা লাভ করেছে।

১৯৯২ সাল হতে এ যাবৎ ২৫ টি ব্যাচে ৭৫০ জন মৎস্য চাষীকে উন্নত পদ্ধতিতে মাছ চাষের প্রশিক্ষণ দেওয়া হয়েছে যাদের অধিকাংশেরই প্রধান পেশা মাছ চাষ। মৎস্য ইউনিট হতে উৎপাদিত রেনু ও পোনা বিক্রয়ের সময় ও পরবর্তীতে মৎস্য চাষীদের মাছ চাষ সংক্রান্ত বিষয়ে পরামর্শ প্রদান করা হয়ে থাকে। এছাড়াও একাডেমীতে আগত বিভিন্ন কোর্সের প্রশিক্ষণার্থী, সরকারী ও বেসরকারী পর্যায়ের উচ্চ পদস্থ কর্মকর্তা, উদ্যোক্তা, রাজনৈতিক ব্যক্তিত্ব ও বিদেশী অতিথি প্রমূখ হ্যাচারী পরিদর্শন করেন এবং মৎস্য বিষয়ে তাদের বিভিন্ন প্রশ্নের সমাধান পেয়ে থাকেন।

সেপ্টেম্বর ২০১৯ হতে নভেম্বর ২০২০ পর্যন্ত একাডেমীর মৎস্য ইউনিটের আওতাধীন পুকুর হতে মাছের চারা পোনা, খাবার মাছ উৎপাদন ও ইনডেক্স ফিসারীজ লিঃ এর সাথে পাবলিক প্রাইভেট পার্টনারশীপ (পিপিপি) মডেলে উন্নতমানের মনোসেক্স তেলাপিয়ার ২১.০০ (একুশ) লক্ষ পোনা উৎপাদন করা হয়েছে। সম্প্রতি পল্লী উন্নয়ন একাডেমী হ্যাচারীতে বাহারি রঙ্গের চারটি ভিন্ন প্রজাতি (কই কার্প, মিল্কি কার্প, কমেট কার্প ও গোল্ড ফিশ) এর সফল ব্রিডিং, লালন-পালন ব্যবস্থাপনা ও বাজারজাতকরণ করা হচ্ছে। পল্লী প্রযুক্তি প্রশিক্ষণ কোর্সের আওতায় ২০ (বিশ) জনকে আধুনিক পদ্ধতিতে মনোসেক্স তেলাপিয়া উৎপাদন ও ৩ (তিন) জনকে কার্প হ্যাচারী টেকনিশিয়ান হিসেবে প্রশিক্ষণ প্রদান করা হয়েছে। মৎস্য ইউনিটের সেপ্টেম্বর ২০১৯ হতে নভেম্বর ২০২০ পর্যন্ত উৎপাদন খাতে নীট আয় হয়েছে তা নিম্নের সারণীতে দেখানো হলোঃ